Στις διαδικασίες παραλαβής, επεξεργασίας τιμολογίων και πληρωμής τους αναφέρεται η Κοινή Υπουργική Απόφαση που δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 2120 Β/2024.
Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας πληρωμής του ηλεκτρονικού τιμολογίου από την αρμόδια υπηρεσία του αγοραστή, το Κέντρο Διαλειτουργικότητας (ΚΕΔ) Υπουργείου Ψηφιακής Διακυβέρνησης άμεσα ενημερώνεται ηλεκτρονικά για την ολοκλήρωση της πληρωμής του τιμολογίου και στη συνέχεια ενημερώνει αυτόματα τόσο τα εμπλεκόμενα πληροφοριακά συστήματα όσο και τον πωλητή. Η οπτικοποιημένη μορφή του ηλεκτρονικού τιμολογίου δύναται να αποθηκεύεται σε ηλεκτρονικό αρχείο μορφότυπου PDF, ενώ ως πρωτότυπο ηλεκτρονικό τιμολόγιο νοείται το τιμολόγιο σε ηλεκτρονική μορφή.