Δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 2857 Β/2015 Κοινή Υπουργική Απόφαση των Υπουργών Οικονομίας, Ανάπτυξης και Τουρισμού – Οικονομικών με την οποία ρυθμίζονται τα θέματα των πληρωμών του συγχρηματοδοτούμενου και εθνικού σκέλους του Π.Δ.Ε.
Αξίζει να σημειωθεί, εκτός των άλλων, ότι στο άρθρο 9 της απόφασης αυτής ορίζεται ότι μέγιστη προθεσμία για την πραγματοποίηση των πληρωμών είναι οι 30 ημερολογιακές ημέρες από την έκδοση του τιμολογίου.
Οι πληρωμές του ΠΔΕ πραγματοποιούνται μέχρι την 30.06.2016 μέσω λογαριασμών δημοσίων επενδύσεων, που τηρούνται για κάθε έργο στην ΤτΕ. Από 1.07.2016 καταργούνται σταδιακά οι λογαριασμοί των έργων και οι πληρωμές πραγματοποιούνται σε βάρος των τριτοβάθμιων λογαριασμών δημοσίων επενδύσεων, που τηρούνται σε επίπεδο συλλογικής απόφασης.